Avant d'enregistrer une créations, aplatissez l'image en allant dans calque => aplatir l'image afin d'alléger le poids du fichier.

Pour fusionner les calques :
Calque => Fusionner les calques
Calque => Fusionner avec le calque inférieur

Pour garder la transparence d'une image, enregistrez-la en formant .png (le .gif est aussi une solution mais il y a une grande perte de qualité)